Le CEGECI est soumis au contrôle des différents corps de l’Etat, habilités à cet effet, notamment :
l’Autorité Supérieure de Contrôle d'Etat et de Lutte contre la Corruption (ASCE-LC), ;
La Cour des comptes ;
l’Inspection Générale des Finances (IGF) ;
Les services compétents du Ministère de l’Industrie, du Commerce et de l’Artisanat.

En outre, les états financiers annuels du CEGECI sont soumis à la certification du commissaire aux comptes nommé par l'Assemblée Générale des Sociétés d'Etat, sur proposition du Conseil d'Administration.

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